Ссылка на скрипт: 4A5O.spt
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
| № | Имена атомов | Длина связи (Ангстрем) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(365VAL)- O(334SER) | 2.9 | 149.7 |
| 2 | N(377HIS)- O(349VAL) | 3.05 | 154.8 |
| 3 | N(394LYS)- O(356TYR) | 3.08 | 157.6 |
| 4 | N(403ARG)- O(368VAL) | 3.07 | 158.4 |
| 5 | N(414LYS)- O(375ALA) | 3.02 | 150.6 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(2440LEU)- O(2656TYR) | 2.71 | 158.2 |
| 2 | N(2653TYR)- O(2482VAL) | 3.06 | 152.9 |
| 3 | N(2425VAL)- O(2642GLN) | 2.87 | 174.5 |
| 4 | N(2639GLN)- O(2415LEU) | 2.98 | 148.0 |
| 5 | N(2412LEU)- O(2628LEU) | 2.76 | 172.4 |
Таблица наглядно демонстрирует измерения водородных связей, которые я получила в программе JMol. Длина связи колеблется от 2.71 до 3.08 ангстремов (по итогам тех измерений, что я проводила). Т.к. обычно длина водородной связи не превышает 3.5 А, то можно сказать, что полученные измерения находятся в пределах нормы. Для Альфа-спирали халактерна средняя длина водородной связи, равная 3.024 ангстрем, а ее средний угол 154.22 градуса. Эта величина довольно далека от идеального угла в 180 градусов. Для Бета-тяжей характерна средняя длина водородной связи, равная 2.876 ангстрем, а ее средний угол 161.2 градуса. Не трудно заметить, что угол связи у Бета-тяжей больше, чем у связей Альфа-спирали. Тем более, среди них встречаются углы больше чем в 170 градусов. Сделанная мной работа является лишь поверхностным анализом, поэтому все выводы и закономерности, указанные мной, нельзя считать абсолютно достоверными.
© Serebrennikova Maria 2017